福建中医药大学中医基础理论教研室始建于1958年，建校即开设《中医基础理论》课程。2006年《中医基础理论》被评为福建省省级精品课程，同年被评为研究生优质课程。2010年中医基础理论团队被评为福建省省级教学团队。中医基础理论学科承担的中医脾胃病学科，2010年被评为国家中医药管理局重点学科。近年教研室先后获批校级线下一流课程，校级课程思政示范课程。教研室目前为中华中医药学会中医基础理论分会名誉副主任委员单位、福建省中医药学会经典分会主任委员单位。
教研室现有教师13人，教授1人，副教授7人，讲师3人，岐黄储备人才2人。具有博士学位7人，在读博士1人。教研室先后出版专著4部，近三年副主编国家级研究生、本科生规划教材3部，参编国家级本科规划教材6部，主持省级教学改革项目1项，校级教学改革项目2项。
教研室以“脾脑相关”系列研究为突破点，建立以脾为中心、脾胃为主体的脾脏理论体系，创新性地提出了中医“大脾胃”概念，揭示中医脾藏象理论的生理、病理本质，其出版的《中医脾脏论》是脾胃学说标志性著作。教研室承担国家自然科学基金共7项。近三年承担国家级课题1项，省级课题2项，厅级课题3项。