温病教研室创建于1958年，教研室所属的中医临床基础学科为福建省重点学科，2005年《温病学》被评为省级精品课程，2020年《温病学》被评为福建省线下一流本科课程，2023年《温病学》入选福建省课程思政示范项目及课程思政教学名师和团队。
教研室目前有专任教师7人，其中福建省高层次人才2人。教研室有教授1人，副教授5人，助教1人。具博士学位3人，硕士学位4人（含在读博士1人），教研室现有博导1人，硕导3人。温病教研室除开设主干课程《温病学》，还开设了《中医疫病学》《温病经典名方与运用》等外延课程，增强学生对中医经典的理解与拓展运用。教研室承担中医学、中西医结合、针灸推拿等专业本科生《温病学》及研究生《温病学研究》《中医经典导读》等课程教学任务。教研室主任鲁玉辉教授分别担任中国中医药促进会温病与感染病分会副会长和福建省中医药学会中医经典分会主任委员。
1990年，温病教研室在全国率先开设本科生温病学实验课，同时开展《温病学》和《中医疫病学》临床见习的教学活动，积累了较为丰富的教学经验，已经形成理论－实验－临床实践三位一体的教学模式。2005年获得福建省教学成果一等奖，2007年获学校教学成果二等奖，2020年“基于中医原创思维的《中医疫病学》课程体系的构建及实践应用”分别获得福建中医药大学和福建省教学成果特等奖。
教研室参与编写十三五、十四五本科及研究生规划教材《温病学》《中医疫病学》《温病理论与临床》《中西医结合染病学》《温病名家理论与实践指要》《中医临床经典概要》《络病学》等30余部。编写和出版了《中医古籍整理·温病学分卷》《古今中医名家论疫病》《温病学传承与现代研究》《中西医结合男科学》《男科中西方药辑要》《男科辨病专方专药治疗学》《全国名老中医药专家陈扬荣学术精要》等多部著作。教研室多年来从事温病湿热证辨治规律及络病学研究，近年来承担国家自然科学基金面上项目2项，国家自然基金青年基金项目1项，省自然科学基金项目7项及厅级、校级各类项目多项，发表SCI、CSCD、核心期刊等论文100余篇，培养博士、硕士研究生30余人。
