学校自1958年创办以来，就设置了医学史教研室，并于20世纪80年代建立医史陈列室，绘制了多幅医家画像和医学史挂图，收集了包括泉州后诸港出土的宋代沉船香料药物等重要医史文物，以方便教学。本教研室拥有悠久良好的学术传统。前辈俞慎初教授为国内知名医史学者、国家级中医药专家，主编有《中国医学简史》《中国药学史纲》等。刘德荣教授为俞慎初学术继承人，秉承俞老治史余绪，深耕福建医药发展史，主编有《福建医学史略》《福建历代名医学术精华》等。医学史教育是中医专业教育中的一个重要组成部分，是医学科学和人文科学的桥梁与纽带，包含医文史哲等等多学科知识，对扩大医学生的社会视野，丰富人文知识具有重要作用。
师资队伍：教研室现有教师6人，其中副教授3人，副研究员1人，讲师1人，助教1人；具有博士学位5人，硕士学位1人；硕士生导师2人。任课教师是多年从事医史教学和科研工作的骨干，教学队伍年龄结构合理，师资配置呈老、中、青结合的合理梯队结构。
课程建设：中国医学史是研究中国医药学的起源、形成、发展过程和发展规律的科学。本课程是中医本科生必修的专业基础理论课，在中医教学的整体构架中起到奠基的作用。开设于1958年，至今已过半个世纪，打下了坚实的教学和研究基础，已经成为中医药院校在本科教学中不可缺少的专业基础课程。中国医学史2021年被评为校一流本科课程。对于培养学生培养树立热爱中医、献身中医事业的精神，巩固专业思想，开阔学生眼界，洞察医学现实，培养高尚医德情操，都极具现实意义。我们还将科研成果转化为教学，根据刘德荣教授主持的福建省社科重点课题《福建医学史研究》成果，开设了福建历代名医学术思想导读课程。教研室教师同时开设了中医与传统文化、力钧学术思想导读、中医医案选、陈修园医案、中医学等相关课程。
教材建设：教研室教师参加全国中医药行业高等教育“十三五”“十四五”规划教材《中国医学史》编写并任编委。
教学改革：1.以中医药文化博物馆为平台开设医学史第二课堂。中医药博物馆是中医药传统文化集中展示的场所，同时作为教学科研的基地，可以给学生提供一个直观教学的环境。利用中医药文化博物馆进行中国医学史授课，是本教研室实施实物教学的优良传统。我们坚持要把博物馆教学纳入教学日程。博物馆教学摆脱了传统的单纯书本教育的方式 ，以直观具体的文物史料、标本来再现历史，使医史教学更加真实生动，使医史课程变得更加有说服力，使学生有身临其境的感觉。教学中充分利用博物馆在普及传统医学知识、总结医疗经验、科技反哺医药等环节的场所作用，实现正确价值观的传播与引领。而在这个教学过程中，教师应该对所在文物单位进行充分的考察，对馆中文物隐含的医史知识与教材知识进行充分的衔接与拓展，并在分组、讲解、课后知识查询和扩展上进行必要的设计，有组织地进行带教活动。2.推行自主讨论式教学模式。为了改变传统的课堂教学模式，增强师生互动，教学中大量采用教师指导下的学生自主讨论式教学模式。在实践中学生通过查阅、访谈、实地参观、调研、小组讨论等形式，研究相关热点和感兴趣的人文问题。学生的自主学习和协作学习得到了进一步强化，增加了课程的趣味性，提高了学生的人文素养，同时加强了学生创新能力、协作能力、自学能力、获取信息等多种综合能力，效果显著。3.改革教学评价方式，丰富形成性评价方式。以学习通阶段性测验、小组讨论汇报、学习心得、博物馆参观体会等对学生的学习参与度及医史客观知识掌握度进行评价。
科研方面：教研室教师积极参加科研，近5年承担国家社科项目1项，参与2项；省级课题3项，校级2项。其中黄颖副教授主持国家社会科学基金一般项目《清代天花史研究》，参与国家社会科学基金一般项目——《闽西苏区医药卫生史料的发掘整理与时代价值研究》和国家社科基金冷门绝学研究专项学术团队项目“中国医学史视域下医药文化遗产资料挖掘整理研究”之子课题3——《以福建省为例的红色医药文化遗产资料挖掘整理研究》。主编出版著作1部，副主编出版著作3部。