医古文教研室历史悠久。2009年为省级精品课程，2012年所在的医史文献学科为国家中医药管理局重点学科，教研室随之进入重点学科行列。教研室现为中华中医药学会医古文分会副主任委员、医史文献分会常委、中医药文化分会常委单位。教研室主要开设医古文、国学经典导读、中医哲学专题理论、中国古代学术思想史、中医学与传统文化、周易入门公文写作等本科与研究生课程。近五年来，教研团队副主编教材2部，参编规划教材11部。近年来主持国家社科基金1项，教育部人文社科4项，国家中医药管理局项目2项，省社科基金4项，发表专著4部，校注古籍12部，论文50余篇。教研室现有7人，5人为博士学位，其中教授2人，副教授3人，讲师2人， 主要来自语言文字、历史、古代文学、哲学、医史文献等专业，学缘结构广泛，识结构合理，专业基础扎实。
近年来教研室引入现代教学理念，凸显“课程思政”亮色，拥有省级一流本科线下课程1门，校级线上线下混合式课程1门，主持省课“课程思政”建设项目2项，入选省“课程思政”优秀案例2项，拥有“校“课程思政”示范团队1个。教学团队获得省级教学竞赛一等奖1项，全国“中医药社杯”教学竞赛三等奖2项，省级教学成果奖1项；科研成果获福建省社会科学优秀成果奖三等奖1项，中华中医药学会学术著作三等奖2项。近年来团队教师校优秀教师、师德之星、校中青年骨干教师等称号。